Na deze ‘kamikaze’ acties leek het alsof beide torens bleven staan, maar niets is minder waar. Na ruim 2 uur in de brand te hebben gestaan stortte eerst de zuidelijke toren volledig in. Kort hierna stortte ook de noordelijke toren in. Hierdoor is zo goed als iedereen die in of dichtbij de torens stonden omgekomen. Door het instorten van de twin Towers stond een groot deel van de stad vol met het vrijgekomen stof. Enkelen mensen stierven later ook nog aan een longaandoening door de grote hoeveelheid ingeademd stof. Er wordt geschat dat er ongeveer 1400 mensen in de noordelijke toren aanwezig waren toen deze instortte. Slachtoffers waren niet alleen mensen die in de twin Towers werkte maar ook politieagenten en brandweermannen die hun eigen leven op het spel zetten om anderen mensen te redden. veel mensen die aanwezig waren in de toren konden de vlammenzee niet meer aan en besloten naar beneden te springen. Grote aantallen mensen die om het gebouw aan het kijken waren naar de aanslag hoorden ze op de grond vallen. Veel mensen zijn hierdoor ook getraumatiseerd. Van deze vallende mensen zijn ook verschillende video-opnames en foto’s gemaakt, hiervan zijn er een aantal heel bekend geworden onder de naam ‘The Falling man’.

Iets later dan een half uur nadat het tweede vliegtuig in de zuidelijke toren was in gecrasht. Vloog er een derde vliegtuig het ministerie van defensie (het Pentagon) binnen. Dit deed echter aanzienlijk minder schade dan bij de twin Towers. Het vierde vliegtuig dat gekaapt was heeft zijn bestemming nooit gehaald, omdat de passagiers van die vlucht de kapers overmeesterde en het vliegtuig naar de grond brachten. Dit was alleen geen landing want de vlucht was neergestort een weiland net buiten Pittsburg. Er wordt gedacht dat deze vlucht het witte huis als doel had.